【一】《宏基因组学测序技术在中重症感染中的临床应用专家共识

--2020年5月中华危重病急救医学发布第一版

1. 检测与质控

1.1 检测设施设备控制

1.2 检测实验控制

1.3 测序结果的实验室判读控制

1.4 数据库建设

2. 规则及应用

2.1 不同病原体检测方法的特点

2.2 mNGS报告解读规则

2.3 阴性结果的解读

2.4 阳性结果的解读

2.5 常见微生物检测结果与临床检测结果不一致的处理

2.6 非体内正常定植菌在非感染部位出现视为病原体

2.7mRNA在区别背景微生物、病毒以及快速分裂期的微生物的诊断价值

2.8 延迟阳性

2.9 物种差异判读（病毒、真菌、细菌、寄生虫）

2.10 罕见病原体的阳性价值       

2.11 污染与定植

3. mNGS技术展望

3.1 耐药和突变的鉴定

3.2 mtNGS

3.3 检验设备标准缺失，多种因素对结果解读的影响

3.4 mNGS时长的优化

3.5 临床数据和微生物基线

3.6 mNGS病原体鉴定在临床应用中存在的急需解决的问题

3.6.1 产品本身的标准化和规范化

3.6.2 数据库的完整性和准确性

3.6.3 算法的准确性和快速化

【二】宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识

--2019年2月中华急诊医学杂志发布

1. mNGS分析和诊断技术是急危重症感染快速、精准诊疗的发展方向

2. mNGS在急危重症感染患者应用的适应证

3. mNGS检测的基本流程和质量控制

3.1 实验流程

3.2 生物信息分析

3.3 检测报告内容

3.4 mNGS检测报告和临床解读常用的概念

4. 临床应用和结果解读原则

5. mNGS在急危重症感染性疾病应用中尚存在的问题

【三】儿童呼吸道感染微生物检验标本采集转运与检测建议（细菌篇）

7 其他检测方法

7.4 高通量的宏基因组测序 全基因组测序是对感染性疾病病原体的大规模核酸分析，可提供极为丰富的信息，对于未知病原体的发现具有不可比拟的优势，是分子生物学诊断的研究热点。

【四】儿童呼吸道感染微生物检验标本采集转运与检测建议（病毒篇）

3 实验室检测方法

3.1.3 核酸检测

相对于常规核酸检测，Sanger测序技术、焦磷酸测序技术和二代测序技术等可得到病原体的基因序列，最快可在 5～6 h 获得病毒的整个基因组序列，从而为病毒感染的诊断提供更多的信息。二代测序技术不但在高通量方面表现出优势，而且在发现新病原方面也有突破性进展，但目前二代测序的结果还需要验证，不能直接用于临床诊断，且费用较高，要广泛应用尚待时日。

【五】终末期肝病合并感染诊治专家共识

4 ESLD 合并感染的诊断

4.5病原微生物检测、培养与鉴定

二代测序方法从组织、拭子、抽吸物中提取 DNA 进行分析，可筛查鉴别多种细菌，快速获取病原学诊断。

推荐意见 4: ( 1) ESLD 合并感染的诊断需综合评估高危因素、症状和体征、实验室检查、影像学检查以及病原学检测做出诊断，及时送检各种组织、体液、血液等标本是诊断的重点。

【六】中国成人医院获得性肺炎与呼吸机相关性肺炎诊断和治疗指南 (2018年版)

（四）实验室技术在诊疗中的应用价值

高通量测序等分子生物学技术：基于测序技术的临床宏基因组学，通过分析临床标本中微生物的DNA或RNA含量与丰度判断致病菌，显著提高了病原检测的敏感度，缩短了检测时间，对罕见病原菌感染的诊断具有优势，可审慎地用于现有成熟检测技术不能确定的病原体，或经恰当与规范抗感染治疗无效的患者，但检测结果需结合流行病学和临床特征综合评估是否为致病菌。但该技术应用于临床尚需解决许多问题，包括标本中人类基因组的干扰生物信息学分析、结果判断和解释等，特别是呼吸道本身为非无菌状态，量定植菌核酸的存在给临床结果的判读带来了挑战。

病原体诊断新利器

病原微生物宏基因组检测（mNGS）

是指基于宏基因组新一代测序技术 (metagenomics nextgeneration sequencing, mNGS) 不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，然后与数据库进行比对分析，根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类，能够快速、客观地检测临床样本中的较多病原微生物（包括病毒、细菌、真菌、支原体/衣原体、寄生虫），且无需特异性扩增 ，尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。

自 2008 年成功应用于临床诊断新发病原体感染以来 ，目前 mNGS 技术已经逐步用于临床疑难感染诊断，如华山医院张文宏团队用 mNGS 协助确诊猪疱疹病毒的跨物种传播，并给予针对性治疗使患者痊愈，深圳市第三人民医院用 mNGS 确诊了一例罕见阿米巴脑炎。

mNGS检测流程

mNGS适应症

根据目前的临床经验、研究结果和mNGS 技术的优势，推荐 mNGS 在急危重症感染患者中应用的主要适应证 ：

①病情危重需要尽快明确病原体 ；

②特殊病患者如免疫抑制宿主、合并基础疾病、反复住院的重症感染患者需要尽快明确病原体 ；

③传统微生物检测技术反复阴性且治疗效果不佳 ；

④疑似新发病原体、临床上提示可能有一定的传染性 ；

⑤疑似特殊病原体感染 ；

⑥长期发热和（/ 或）伴有其他临床症状、病因不明的感染。

符合以上适应证的患者，应尽快送标本进行检测。

展望：

mNGS 作为一种全面的直接检测方法，对感染样本直接进行高通量测序，通过病原微生物专用数据库比对和智能化分析，获得疑似感染病原微生物的信息，并提供全面深入的报告，可以为急危重症感染患者提供快速精准的诊断依据，从而精准地抗感染治疗。

虽然目前的经济成本使 mNGS 不太可能在短期内成为临床一线检测手段，但在疑难杂症、危重症、免疫缺陷等特殊人群中仍具有成为病原体诊断准一线检测手段的潜力，是一种非常有效的广谱病原体筛查方法。此外，mNGS 与传统的分子、血清学检测等方法在感染诊断的检 测中联合使用可发挥关键作用。